ترتبط إدارة البرنامج وفق هيكلها التنظيمي بوكيل الجامعة للشؤون التعليمية والأكاديمية ولها ارتباط مباشر بعمداء الكليات للتعاون معهم في متابعة كل ما يتعلق بالابتعاث الداخلي إلى الجامعة على النحو التالي: