يتضمن مشروع الخطة الإستراتيجية لوكالة الجامعة للمشاريع ستة محاور رئيسية للعمل وهي:
1. المحور الأول : محور الهيكل التنظيمي
2. المحور الثاني : محور إجراءات العمل الإدارية
3. المحور الثالث : محور الموارد البشرية
4. المحور الرابع : محور التقنية
5. المحور الخامس: محور البنية والحدود المكانية
6. المحور السادس : محور التمويل