أنشئ مركز الأمير سلطان لأبحاث البيئة والمياه والصحراء تحت مسمى "مركز دراسات الصحراء" كإدارة مستقلة ترتبط بمدير جامعة الملك سعود عام 1406 هـ / 1986 م بموجب القرار الإداري رقم 12873 بتاريخ 25/10/1406 هـ، وذلك انطلاقا من اهتمامات حكومة المملكة العربية السعودية بقيادة خادم الحرمين الشريفين يحفظه الله في إنشاء مراكز بحثية متخصصة وخاصة في موضوع حيوي هام يتعلق بالبيئة الصحراوية الجافة السائدة في المملكة. وكان الهدف من إنشاء المركز تصميم وإجراء البحوث العلمية المتعلقة بتنمية الصحراء ومقاومة التصحر في شبه الجزيرة العربية وخاصة في المملكة العربية السعودية